La Laguna de Apoyo cuenta con una riqueza biológica impresionante, a pesar de la penetración del hombre y de encontrarse rodeada de varias comunidades, en la ruta de los pueblos blancos de Masaya y Granada, que es la zona más densamente poblada de Nicaragua. Lo escarpado de sus bordes ha hecho difícil el acceso y depredación del bosque, aunque poco a poco esto ha ido siendo superado por las necesidades de los habitantes, no obstante, en un esfuerzo por proteger su riqueza y permitir su estudio y conservación, el gobierno la declaró Reserva Natural, aunque a estas alturas todavía no se delimitan sus fronteras ni se crea un plan de manejo para la misma.

En la laguna es muy fácil encontrar varias especies de aves (se cree que más de 85 especies en algunas épocas del año), además de grandes cantidades de insectos, peces, reptiles, anfibios, moluscos y mamíferos. Es muy frecuente encontrar manadas de ardillas y monos congo, que a pesar de su timidez, no esconden su ingenua curiosidad ante la presencia humana.

Los bordes de la laguna aun conservan gran parte del bosque primario, que ha venido poblándola a lo largo de muchos siglos, riqueza vegetal que no pasó desapercibida para los indígenas, quienes habían bautizado la laguna como Norome, vocablo chorotega con el cual se nombraba a cierta planta trepadora o "bejuco", característicos en la zona y que dicho sea de paso sirven de "rutas de tránsito" a las graciosas ardillas y los monos congos, en su ir y venir de un árbol a otro.