La reserva natural El Chocoyero-El Brujo es uno de los lugares más propicios para la observación de aves y animales en su más puro comportamiento natural. Es muy común que por los senderos se encuentren pequeñas manadas de guatuzas (Dasyprocta punctata), gallinitas de monte (Tinamus major) y aves de comportamiento terrestre. 

Con un poco de suerte, puede encontrar también venados, cusucos, mapachines y en ocasiones excepcionales (por la noche) felinos como el leoncillo o león breñero (Herpailurus yagouarundi), que además de raros son extremadamente tímidos ante la presencia del ser humano. Menos frecuentes pero también presentes son las serpientes, como "la mica" y serpientes cazadoras de roedores.

En los arbustos y árboles puede encontrar a las silenciosas y muy vivaces ardillas (a veces en grupos de 8 o más), monos cara blanca (Cebus capucinos), monos congo (Alouatta palliata), iguanas verdes (o garrobos lapas - Anolis) y una enorme diversidad de aves, como pericos, loras (Aratinga strenua), chichiltotes (Icterus pectoralis), oropéndolas, guardabarrancos (Eumomota superciliaris), mosqueritos (Tolmomyias assimilis), cierto güis (Pitangus sulphuratus), toledos (Chiroxiphia linearis), tucanes (Pteroglossus torquatus) y otros tantos. Hasta la fecha se han cuantificado casi 80 especies de aves, entre permanentes y migratorias, lo que le dan al lugar una posición privilegiada especialmente para los observadores de aves.

De igual manera, la reserva cuenta con una gran riqueza forestal, albergando diversas especies de árboles, arbustos, orquídeas y diversidad de plantas pequeñas. Algunos árboles alcanzan hasta 30 metros de altura, destacándose los matasanos (Crataeva tapia), guayabones (Terminalia amazonia), matalapalos, guanacastes (Enterolobium cyclocarpum), aceitunos (Simarouba glauca), laureles (Cordia alliodora) y guácimos (Guazuma ulmifolia) entre otros. Estos árboles y arbustos representan el principal hábitat de la mayor parte de las especies animales de la reserva, por lo que su preservación, cuido y reproducción es de vital importancia.