La Reserva Natural El Chocoyero-El Brujo está localizada en una zona donde la naturaleza ha jugado caprichosamente con el paisaje. De acuerdo a vestigios encontrados en algunas paredes de El Jordán, muy próximo a la reserva, los primeros pobladores de la zona fueron indígenas que posiblemente la habitaron mucho antes de la conquista española. Estos indígenas, seguramente fueron atraidos por la abundancia de agua y vida silvestre del lugar, ya que según evidencia geológica, antiguamente este lugar fue atravesado por diversos ríos hubicados en las zonas hoy conocidas como El Jordán, El Edén, La Francia, San José de los Ríos y los nacientes de la misma reserva, que finalmente confluían para formar el ahora extinto Río Grande de Ticuantepe.

En épocas más recientes, la abundancia de agua de estos lugares fue explotada con el objetivo de abastecer a las comunidades de Ticuantepe y se habla inclusive que abastecían la ciudad de Masaya (a comienzos del siglo XX). De esto sólo quedan algunos pocos vestigios destruidos de los canales de distribución de agua, aunque aun ésta se sigue almacenando para su posterior distribución a las comunidades más próximas.